У 1999 році з метою сприяння консолідації кадрового потенціалу аграрної економічної науки України на пріоритетних напрямах теоретичних і прикладних досліджень розвитку агропромислового виробництва, активізації участі вчених аграрного профілю у формуванні та реалізації аграрної політики створено громадське творче об'єднання “Всеукраїнський конгрес вчених економістів-аграрників” у складі близько 250 докторів економічних наук, професорів, академіків і членів-кореспондентів Національної академії аграрних наук України, які працюють у сільському господарстві, інших галузях агропромислового комплексу, навчальних закладах, адміністративно-управлінських структурах.

Перший президент Всеукраїнського конгресу вчених економістів-аграрників – Саблук Петро Трохимович, академік НААН, доктор економічних наук, професор, заслужений діяч науки і техніки України, Герой України, радник при дирекції Національного наукового центру „Інститут аграрної економіки”, член президії як почесний президент Конгресу (з правом дорадчого голосу).

З 2015 року головою президії Конгресу обрано Лупенка Юрія Олексійовича, академіка НААН, доктора економічних наук, професора, заслуженого діяча науки і техніки України, директора Національного наукового центру "Інститут аграрної економіки".

За період діяльності Конгресу проведено сімнадцять річних зборів, на яких обговорено актуальні проблеми розвитку аграрного сектору України, зокрема:

Вісімнадцяті збори Конгресу, 28 вересня 2023 р. розглянули «Розвиток аграрного сектору та сільських територій в умовах воєнного часу й повоєнного відновлення України». Із доповіддю виступив О.М. Нечипоренко – заступник директора ННЦ «Інститут аграрної економіки», д.е.н., член-кореспондент НААН. Запропоновано інноваційні напрями розвитку аграрного виробництва та продовольчого забезпечення в умовах правового режиму воєнного стану та після його припинення або скасування. Розкрито складники соціально-еколого-економічного механізму відновлення аграрного потенціалу на деокупованих територіях з дотриманням принципів сталого сільського розвитку. Визначено ринкові інструменти підвищення стресостійкості агропродовольчого сектору  з урахуванням статусу України як кандидата на вступ до Євросоюзу, глобалізації факторів виробництва та агропродовольчих ринків.

Сімнадцяті збори Конгресу,  30 травня 2019 р. розгляд теми «Перспективні форми організації господарської діяльності на селі». Із доповіддю виступив Ю.О. Лупенко, директор ННЦ «Інститут аграрної економіки», академік НААН. Серед іншого було розкрито сучасний інституційно-правової структури сільського господарства, наголошувалося на необхідності розроблення комплексної стратегії і плану дій щодо сільського розвитку до 2025 року та участі в цій роботі економістів-аграрників.

Шістнадцяті збори Конгресу, 1 червня 2017 р. – розгляд теми «Сучасні проблеми та перспективи сталого розвитку сільських територій». Із доповіддю виступив Ю.О. Лупенко, директор ННЦ «Інститут аграрної економіки», академік НААН у якій розкрито стан та перспективи сталого розвитку сільських територій в умовах децентралізації державної влади, розвитку інституту місцевого самоврядування та формування об’єднаних територіальних громад. Було наголошено на ролі економістів-аграрників у науково-методичному забезпечення інноваційних процесів у сільській місцевості.

П’ятнадцяті збори Конгресу, 14 травня 2015 р. – розгляд теми «Сучасні проблеми та перспективи міжнародної інтеграції аграрного сектору економіки України». Із доповіддю виступив Ю.О. Лупенко, директор ННЦ «Інститут аграрної економіки», академік НААН у якій проаналізовано стан та накреслено перспективи міжнародної інтеграції аграрного сектору економіки України в контексті завдань агроекономічної науки.

Чотирнадцяті річні збори Конгресу, 16-17 жовтня 2012 р., – розгляд теми «Стратегія розвитку аграрного сектору економіки на період до 2020 року», 220 учасників. З доповіддю виступив в.о. президента НААН, д. с.-г.н., проф., акад. НААН В.Ф. Петриченко, у якій наголосив на ролі науки в розробці стратегічних напрямів розвитку сільського господарства. Зазначив, що поступ аграрного виробництва не буде перспективним без розвитку сільських територій та без доопрацювання низки законів України „Про сільське господарство”, „Про ринок земель” та ін.

Тринадцяті річні збори Конгресу, 20-21 червня 2011 року, – розгляд проблеми „Інституціональні засади трансформацій в аграрній сфері”. Розглянуто питання інституціональних трансформацій в аграрній сфері, шляхи оптимізації інституціонального середовища агроекономіки через механізм модернізації існуючих і формування нових, більш адаптованих до вітчизняних реалій, інституцій та інститутів. Близько 200 учасників.

Дванадцяті річні збори Конгресу, 25-26 лютого 2010 року, – проблема „Організаційно-економічні трансформації в аграрному виробництві”, понад 200 учасників. Рішенням зборів схвалено основні положення науково-методичного та нормативно-правового забезпечення процесу організаційно-економічної трансформації в аграрному виробництві. Окреслено низку заходів щодо розширення й поглиблення наукових досліджень проблем організаційно-економічних трансформацій в аграрному виробництві, посилення наукового забезпечення розвитку галузей АПК установами НААН та вищих навчальних закладів.

Одинадцяті річні збори Конгресу, 26-27 лютого 2009 року, – розгляд проблеми “Трансформація земельних відносин до ринкових умов”, 250 учасників. Розглянуто проблеми трансформації земельних відносин в умовах формування і функціонування ринку сільськогосподарських земель як системи економіко-правових відносин, що забезпечує його суб’єктам включення землі як капіталу в економічний оборот, здійснення цивільно-правових угод з приводу переходу власності на земельну ділянку або права користування нею в законодавчо визначеному порядку з урахуванням попиту і пропозицій.

Підготовлено проект рекомендацій щодо наукового забезпечення подальшого розвитку земельної реформи, удосконалення земельних відносин та підвищення ефективності використання сільськогосподарських земель. Запропоновано перелік нормативно-правових актів, які необхідно підготувати та прийняти з метою врегулювання земельних відносин у період становлення ринкової економіки країни.

Десяті річні збори Конгресу, 10-11 квітня 2008 р., – розгляд теми “Проблеми забезпечення дохідності агропромислового виробництва в Україні в постіндустріальний період”, понад 250 учасників. Обговорювалася проблема досягнення прибутковості основних галузей сільського господарства, обґрунтування шляхів її вирішення з урахуванням сутності інноваційно-інвестиційного забезпечення прибутковості виробництва, фінансової ситуації в сільськогосподарських підприємствах, необхідності проведення аналізу управління аграрним виробництвом, впливу ресурсного потенціалу на прибутковість з урахуванням регіональних особливостей виробничої діяльності. Рішенням зборів було зазначено, що основними завданнями, які потребують значної уваги, є: пошук шляхів залучення зовнішніх джерел збільшення дохідності аграрного виробництва; визначення резервів задіяння внутрішніх факторів формування його дохідності та забезпечення пріоритетності виробничих відносин; обґрунтування ефективної розподільчої системи й розвитку соціально-економічних інтересів.

Дев’яті річні збори Конгресу, 26-27 квітня 2007 р., – розгляд теми “Фінансові проблеми становлення та розвитку аграрного ринку”, понад 200 учасників. Обговорено питання фінансового забезпечення сільськогосподарського виробництва як ключового фактора становлення й розвитку аграрного ринку. Досвід ринкових трансформацій і принципова позиція економістів-аграрників сприяли усвідомленню ідеї необхідності активного державного регулювання в аграрній сфері. З обговореного питання зборами було прийнято рішення, яким схвалено основні напрями формування ефективних механізмів фінансово-кредитного забезпечення й окреслено низку питань щодо поглиблення наукових досліджень із фінансових проблем.

Восьмі річні збори Конгресу, 20-21 червня 2006 р., – розгляд теми “Розвиток аграрної економічної науки в Україні та її завдання в умовах освоєння ринкової системи господарювання”, 200 учасників. Розглянуто проблеми розвитку аграрної економічної науки в Україні з визначенням її основних завдань в умовах освоєння ринкової системи господарювання. Висока актуальність проблеми зумовлена винятково важливим значенням розвитку науково-технічного прогресу в подоланні системних кризових явищ в агропромисловому комплексі, створенні конкурентоздатного аграрного сектору економіки з метою гарантування продовольчої безпеки країни.

Проведення Восьмих річних зборів Конгресу збіглося з 50-річним ювілеєм створення і функціонування Національного наукового центру “Інститут аграрної економіки”, колективові якого належить вагомий внесок у розвиткові аграрної економічної науки в Україні. Наукові розробки Інституту знайшли широке застосування в сільськогосподарській практиці на різних етапах аграрного виробництва.

Сьомі річні збори Конгресу, 9-10 листопада 2005 р., – обговорення теми “Соціально-економічні проблеми розвитку українського села і сільських територій”, близько 210 учасників. Розглянуто соціально-економічні проблеми українського села на пореформеному етапі розвитку аграрної сфери економіки, питання соціальної облаштованості сільських населених пунктів, використання виробничого потенціалу сільських територій і формування умов ефективного виробництва в сільській місцевості; запропоновано концептуальні аспекти соціального розвитку села і сільських територій на період до 2015 року.

Шості річні збори Конгресу, 16-17 січня 2004 р., – розгляд теми “Формування та розвиток аграрного ринку”, 200 учасників. Розглянуто основні тенденції становлення ринку сільськогосподарської продукції та продовольства, особливості формування ринку зерна, цукру, плодів, овочів і фруктів, винограду і виноградно-виноробної продукції, молока та молочної продукції, інших продуктів тваринництва, досвід формування й розвитку аграрного ринку в Росії і Білорусі. Рішенням зборів окреслено низку заходів щодо наукових засад формування й розвитку аграрного ринку, становлення і розвитку ринку продовольчого машинобудування та ряд інших проблем ринкової економіки.

П’яті річні збори Конгресу, 28-29 січня 2003 р., – розгляд теми “Формування і реалізація державної політики розвитку матеріально-технічної бази агропромислового комплексу в Україні”, понад 150 учасників. Обговорено проблеми та підготовлено пропозиції щодо відновлення й розвитку матеріально-технічної бази агропромислового комплексу України, оцінки стану забезпеченості основними засобами сільськогосподарських підприємств, відтворення матеріально-ресурсного потенціалу в сільському господарстві, формування і функціонування ринку техніки й послуг, визначення основ ціноутворення на сільськогосподарську техніку та шляхів реалізації технічної політики країни. Збори прийняли рішення, у якому визначено основні напрями формування й реалізації державної політики у сфері матеріально-технічного забезпечення аграрного сектору, його відтворення, оновлення й розвитку, формування цінової політики.

Четверті річні збори Конгресу, 25-26 червня 2002 р., – розгляд теми “Основні напрями високоефективного розвитку пореформеного агропромислового виробництва в Україні на інноваційній основі”, 150 учасників. Мета зборів – визначення напрямів підвищення ефективності діяльності всіх секторів агропромислового комплексу на основі подальшої інтенсифікації виробництва та інновацій. Рішенням зборів схвалено основні положення щодо обґрунтування напрямів ефективного розвитку пореформеного розвитку агропромислового виробництва в Україні.

Треті річні збори Конгресу, 29-30 березня 2001 р., – обговорення теми “Нова економічна парадигма формування стратегії національної продовольчої безпеки України в ХХІ столітті”, понад 150 учасників. Мета зборів – опрацювання нових шляхів формування стратегічних напрямів забезпечення продовольчої проблеми країни, удосконалення господарського механізму в умовах переходу до ринкової економіки.

Аналіз стану розвитку пореформеного агропромислового виробництва в Україні дав підставу визначити нові підходи до формування стратегічних напрямів забезпечення продовольчої безпеки держави, окреслив шляхи удосконалення господарського механізму в умовах переходу до ринкової економіки.

Другі річні збори Конгресу, 24-25 січня 2000 р., розгляд теми “Соціально-економічна модель постреформеного розвитку агропромислового виробництва в Україні”, 100 учасників. Результатом роботи зборів було прийняття постанови щодо оцінки стану розвитку АПК та розробки і реалізації соціально-економічної моделі пореформеного розвитку агропромислового виробництва в Україні. Створено робочу групу, очолювану президентом Конгресу, для опрацювання проекту генеральної схеми моделі розвитку АПК. Рішенням зборів передбачено здійснення ряду заходів щодо розробки проекту генеральної схеми соціально-економічної моделі постреформеного розвитку агропромислового виробництва в Україні.

Перші річні збори Конгресу, 14-15 січня 1999 р., – обговорення теми “Соціально-економічна ситуація і шляхи подолання кризового стану в агропромисловому комплексі України”, 130 учасників. Мета зборів – визначення основних напрямів організаційно-методичних підходів до розв’язання сучасних проблем агропромислового комплексу України та координації спільної діяльності учасників Конгресу. Прийнято рішення, спрямоване на консолідацію зусиль учених щодо здійснення аграрної реформи виключно у створювальному напрямі з метою докорінного поліпшення соціально-економічного стану на селі, окреслено низку першочергових завдань учених економістів-аграрників у сфері їх наукової діяльності.

За ініціативи президії Всеукраїнського конгресу вчених економістів-аграрників від 30 жовтня 2018 р. №1/18 на місцях створено відокремлені структурні підрозділи:

• у центральному регіоні – Київська, Вінницька, Житомирська, Черкаська області та м. Києва;
• у західному регіоні – Львівська, Волинська, Закарпатська, Івано-Франківська, Рівненська, Тернопільська, Чернівецька області;
• у східному регіоні – Харківська, Сумська, Донецька, Дніпропетровська, Луганська області;
• у південному регіону – Миколаївська, Запорізька, Кіровоградська, Одеська, Херсонська області.